A kakukkfű a mediterrán régió jellegzetes fűszere, ezért gyakran használják a mediterrán konyhában. Frissen vagy szárítva is használható. A szárított változatban a kakukkfű különösen erős fűszerezéssel rendelkezik. Aromáját csak nagyobb hő hatására fejleszti ki teljesen, ezért főtt ételekhez érdemes használni. A kakukkfüvet a főzés során adjuk hozzá. Ezután egész ágként is megfőzhető, és tálalás előtt ismét kivehető. A gyógynövény állítólag pozitív hatással van az emésztésre, ezért a kakukkfű alkalmas a nehezen emészthető és meglehetősen zsíros ételek ízesítésére.
A gyógynövény sokféle változatban kapható, például citromos vagy narancsos kakukkfűben, köményfűben vagy jamaikai kakukkfűben. Mindegyik eltérő ízű, és többféleképpen használható. A narancs és a citromos kakukkfű enyhe citrusos aromát hoz, míg a kömény kakukkfű íze is kömény. A jamaikai kakukkfüvet nagyon gyakran használják halakhoz, különösen a karibi hazájában.
- Levesek és pörköltek: A kakukkfű sok zöldségleveshez és pörkölthöz ízesít. A paradicsom különösen jól harmonizál a fűszerrel. Például a kakukkfű a ratatouille szerves része, és más változatokban is nagyon hatékonyan kombinálható mediterrán zöldségekkel, például padlizsánnal, paprikával vagy cukkinivel. Aromás jegyet ad a paradicsomszószoknak is, például tésztához vagy húshoz.
- Hús és hal: A kakukkfű fűszeres, fanyar aromájának köszönhetően számos húskészítményt finomít. A fűszer például nagyon jól passzol szinte bármilyen húshoz, főleg bárány-, vad-, marhahúshoz, de baromfihúshoz is. Mivel a fűszer csak egy ideig főzés után fejleszti ki teljes aromáját, így hús- és zöldséges pörköltekhez is kiválóan alkalmas. A kakukkfű is jól kombinálható halakkal.
- Burgonya: A burgonya enyhe íze sokkal aromásabb lesz a kakukkfű hozzáadásával. Például a burgonyaleveseket ennek megfelelően lehet fűszerezni. A burgonya gratin, valamint bármely más típusú burgonya rakott gyakran tartalmaz kakukkfüvet.
- Egyéb gyógynövények: A kakukkfű nagyon jól harmonizál más gyógynövényekkel. A kakukkfű és a rozmaring kombinációja nagyon klasszikus. Mindazonáltal mindkét fűszernövény nagyon intenzív aromájú, ezért ügyeljünk arra, hogy ne uralják túlságosan az ételt, és ne takarjanak el más aromákat. A kakukkfű a különféle gyógynövénykeverékek, például a „Provence-i gyógynövények” szerves része. Hiszen a fűszernövény fűszeres, fanyar íze nagyon harmonikusan kiegészíthető fokhagymával.