Majčina dušica je tipičan začin s područja Mediterana pa se često koristi u mediteranskoj kuhinji. Može se koristiti svježa ili osušena. U sušenom obliku majčina dušica ima posebno veliku začinsku moć. Svoju aromu u potpunosti razvije tek na jačoj temperaturi, pa se radije koristi za kuhana jela. Majčina dušica se dodaje tijekom kuhanja. Zatim se također može kuhati kao cijela grana i ponovno izvaditi prije posluživanja. Tvrdi se da ova biljka ima pozitivan učinak na probavu, zbog čega je majčina dušica pogodna za začinjavanje teško probavljivih i dosta masnih jela.
Biljka je dostupna u mnogo različitih varijanti, poput majčine dušice od limuna ili naranče, timijana od kima ili jamajčanskog timijana. Svi se razlikuju po okusu i mogu se koristiti na različite načine. Laganu citrusnu aromu donose naranča i limun majčina dušica, a timijan također ima okus po kimu. Jamajkanski timijan se vrlo često koristi za ribu, posebno u svojoj domovini na Karibima.
- Juhe i variva: timijan dodaje okus mnogim povrtnim juhama i varivima. Uz začin se posebno dobro slaže rajčica. Primjerice, timijan je sastavni dio ratatouillea, a može se vrlo učinkovito kombinirati iu drugim varijantama s mediteranskim povrćem poput patlidžana, paprike ili tikvica. Aromatičnu notu daje i umacima od rajčice, primjerice za tjesteninu ili meso.
- Meso i riba: Majčina dušica oplemenjuje mnoge mesne pripravke zahvaljujući svojoj pikantnoj, trpkoj aromi. Primjerice, začin se jako dobro slaže s gotovo svim vrstama mesa, posebice janjetinom, divljači, govedinom, ali i peradi. Budući da začin svoju punu aromu razvija tek nakon kraćeg kuhanja, vrlo je pogodan i za variva na bazi mesa i povrća. Majčina dušica može se dobro kombinirati i s ribom.
- Krumpir: Blagi okus krumpira postaje puno aromatičniji dodatkom majčine dušice. Primjerice, juhe od krumpira mogu se začiniti na odgovarajući način. Gratinirani krumpir kao i svaka druga vrsta složenca od krumpira često sadrži majčinu dušicu.
- Ostale biljke: Majčina dušica se jako dobro slaže s raznim drugim biljkama. Kombinacija majčine dušice i ružmarina vrlo je klasična. No, obje biljke imaju vrlo intenzivan miris, zbog čega treba paziti da ne dominiraju previše jelom i prikriju druge arome. Majčina dušica također je sastavni dio raznih biljnih mješavina, na primjer, "Provansalsko bilje". Uostalom, ljuti, trpki okus biljke može se vrlo skladno nadopuniti češnjakom.